Αυτό καθορίζει η νομοθεσία αλλά και η 133099/Γ2/19.09.2013 εγκύκλιος του υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων (σε συνέχεια της 91109/Γ2/10.07.08, εναρμονισμένες αμφότερες με τις αποφάσεις του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων): οποιοιδήποτεμαθητές/τριες το επιθυμούν, μπορούν να πάρουν απαλλαγή από το μάθημα των θρησκευτικών, αρκεί να δηλώσουν ότι τη ζητούν για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, χωρίς να αναφέρουν το θρήσκευμά τους (ή την απουσία τέτοιου).
Σύμφωνα με τη νομοθεσία, οι μαθητές/τριες που έχουν πάρει απαλλαγή από το μάθημα των θρησκευτικών παρακολουθούν υποχρεωτικά τη διδασκαλία διαφορετικού διδακτικού αντικειμένου σε άλλο τμήμα της ίδιας τάξης, εφόσον αυτό είναι εφικτό.
Για να απαλλαγεί κάποιος μαθητής από το μάθημα των θρησκευτικών στο σχολείο, αρκεί να υποβάλει συμπληρωμένη μια απλή αίτηση στο διευθυντή του σχολείου, με επικυρωμένη υπογραφή και των δύο γονέων ή του κηδεμόνα (αν είναι ανήλικος) ή υπογεγραμμένη από τον ίδιο (αν είναι ενήλικος).